In 1817 waren de orgels in zowel de Broeder- als de Bovenkerk aan reparatie toe. Op 22 oktober dienden orgelmaker A. van Gruisen te Leeuwarden en de organist van de Bovenkerk J.H. van der Dussen een plan in tot herstel en reparatie van de orgels. De kosten hiervan zouden f 1.800,00 gaan bedragen. Ook de orgelmaker A. Meere te Utrecht diende een dergelijk plan in, maar hij werd gepasseerd.

Op 12 november vertrok Van der Dussen met een ondertekend contract naar Zwolle om een handtekening te halen van Van Gruisen die daar toentertijd werkzaam was.  In 1818 begon Van Gruisen aan het orgel in de Bovenkerk. Hij haalde het instrument uit elkaar, maakte het schoon en belegde de frontpijpen met nieuwe foeliebladen. Hij bracht, kortom, het gehele orgel weer in goede staat. Maar daar bleef het niet bij. Uit latere bron blijkt dat Van Gruisen in deze tijd ook een Carillon aanbracht.

Volgens dr. M.A. Vente in het rapport van de orgelcommissie in 1967, hebben er in het eerste kwart van de negentiende eeuw enkele registerwijzigingen plaats gevonden. Vente baseerde zich daarbij op het pijpwerk, dat hij overigens van zeer goede kwaliteit vond en niet op archiefmateriaal. Vanuit de archieven kunnen Ventes opvattingen niet altijd onderbouwd worden. De volgende veranderingen werden zijns inziens aangebracht:

– Omstreeks 1817 bracht J. C. Scheuer een Trompet 8′ op het Rugwerk aan (het is niet duidelijk of er nog een vrije sleep was of dat er een Siffiet I’ werd geofferd).
– A. van Gruisen breidde vermoedelijk het Borstwerk uit met de registers Salicionaal 8′ vanaf G; Fluittravers 8′ vanaf cl; Principaal 4′ en Flageolet 1′.
– Verder werden de volgende registers vervangen:
Hoofdwerk: Tertiaan 2 sterk werd Gemshoorn 2′;
Bovenwerk: Scherp 3 sterk werd Carillon 3 sterk discant (zie ook noot 70);
Rugwerk: Sexquialter 3 sterk werd Bourdon 16′ vanaf G.

Van 1824 tot 1839 had de firma A. van Gruisen en Zn. te Leeuwarden voor f 100,- per jaar het onderhoud en het stemwerk van de orgels in de Boven- en Broederkerk.

Ter gelegenheid van het 50-jarig jubileum van de organist van J.H. van der Dussen werd de Zwolse orgelmakers Gebr. Scheuer verzocht het orgel in de Bovenkerk te komen nazien. Zij rekenden hiervoor f 46,- en verzochten tevens voor stemmen en onderhoud in aanmerking te mogen komen. Op het tongwerkblok van de Dulciaan 8′ op het Borstwerk staat: “Gebr. Scheuer 6 juli 1855”.

Op 15 januari 1859 overleed J.H. van der Dussen, organist, klokkenist en muziekdirecteur, op 76-jarige teeftijd. Hij werd opgevolgd door Zwier van Dijk, orgelmaker en dilettant-organist uit Kamperveen.

Van Dijk was bij zijn benoeming overigens geen onbekende in Kampen. In 1847 had hij het orgel van de Doopsgezinde Kerk gerepareerd en in 1849 dat van de Broederkerk. In het laatstgenoemde jaar verkreeg hij tevens het onderhoud en het stemmen van de orgels in Bovenkerk en Broederkerk.

In 1860 meldde Van Dijk aan de kerkvoogdij dat door de werkzaamheden aan de Bovenkerk in 1853, waarbij er kalk en puin naar beneden was gevallen, het orgel vervuild was geraakt. Er werd, wellicht naar aanleiding van Van Dijks klachten, een plan gemaakt en aanvaard om het orgel in de Bovenkerk aan een revisie te onderwerpen. Nadat Van Dijk hieraan enige tijd had gewerkt, werd in 1861 een beroep gedaan op Johan Bastiaans, organist van de St.-Bavo te Haarlem, om het orgel te komen keuren en verslag uit te brengen. Bastiaans verrichtte de keuring voor f 100,- en oordeelde positief over het werk van Van Dijk.

In zijn brief van 25 november 1861 schreef Bastiaans dat het werk en de aanpassingen van Van Dijk in het geheel genomen goed en doelmatig waren en dat de nieuwe registers zeer goed en accuraat bewerkt en geintoneerd waren. Wel moest zijns inziens nog een aantal grotere en kleinere gebreken worden weggenomen:

1. De doorspraak in de lade van het Bovenwerk, de bijspraak in de Principaal 16′, de drie bovenste tonen en de te zachte intonatie van de laagste toon C.
2. Bijspraak of overspraak in de Holpijp 8′, het tweede octaaf en enige middentonen in de Bourdon 16′.
3. De ongelijkheid in de intonatie van sommige tonen van deze 16 en 8 voets registers.
4. De te zwakke toon van de Trompetten, vooral van de Trompet 16′.
5. De omstandigheid dat in de pijpopening van de open metalen pijpen stembladen of stemstukken zaten (in plaats daarvan zouden stemringen moeten worden aangebracht).
6. De windziekte van het orgel, vooral van het rugwerk.

De aanbevelingen van Bastiaans werden overgenomen. Van Dijk bleef hiema nog jaren met het orgel bezig, hetgeen aanleiding vormde voor een anonieme Kampenaar eind juni 1864 een ingezonden brief te zenden aan de Kamper Courant. In de brief werd de orgelmaker ervan beticht het orgel als een melkkoe te gebruiken. Van Dijk verweerde zich een week later tegen deze aantijging, ook via een ingezonden brief.” Hij stelde dat hij had gewerkt volgens een voor de aanvang van de werkzaamheden opgesteld plan, waarvoor twee jaar later goedkeuring was gekregen van de Haarlemse organist Bastiaans. Hij gaf aan welke verbeteringen er aan het orgel waren aangebracht, uit welke opsomming tevens de overgenomen adviezen van Bastiaans zijn te destilleren:

1. De blaasbalgen waren onmiddellijk achter het orgel geplaatst.
2. De blaasbalgen waren beleerd.
3. Er waren vier geheel nieuwe klavieren gemaakt en koppels ter vervanging van de onvoldoende gebleken oude constructie.
4. Er waren stemmen vervangen en nieuwe toegevoegd zoals:-  Viola da Gamba (8′) (Bovenwerk)
   –  Dolcan (4′)  (Bovenwerk)
   –  Violon (4′)  (Hoofdwerk)
   –  Trombone (8′) (Rugwerk).Stemmen waarvan Z. van Dijk zelf vermeldt: “Zo als nooit in de Bovenkerk gehoord”.
5. De intonatie van al het pijpwerk was verbeterd.
6. Alle open pijpen waren van stemringen voorzien.

Het werk aan het orgel bleef voortduren. In 1865 achtte de kerkvoogdij het noodzakelijk om het bedrag dat voor dat jaar was uitgetrokken voor de herstelling van het orgel te verdubbelen en te brengen op f 1600,00. Uiteindelijk zouden de totale kosten over de periode 1861-1865 f 4057,28 bedragen. In ieder geval maakt het voorgaande duidelijk dat een aantal veranderingen in het orgel van de Bovenkerk aan Zwier van Dijk moet worden toegeschreven.

In 1885 verscheen de bekende dispositieverzameling van M.H. van ’t Kruijs. De dispositie die hij maakte van het orgel in de Bovenkerk is weergegeven op de pagina ‘Speeltafel en dispositie‘.

Tussen 1882 en 1892 vonden er restauraties aan het kerkgebouw plaats. Wellicht heeft het orgel toen ook een beurt gehad; zeker is dit echter niet. In 1894 kwam Zwier van Dijk te overlijden. Dit betekende, dat men zowel een organist als een orgelmaker nodig had, die het werk van Van Dijk zou kunnen overnemen. Dat bleek echter geen probleem: in plaats van de overleden organist werd, uit het voorgedragen drietal J. Proper, Aj. Gaillard en M.H. Braskamp, allen Kampenaren, de eerstgenoemde benoemd. Het salaris van Proper, een neef van Z. van Dijk, zou f 200,- per jaar bedragen. Voor het stemmen van de orgels in de Bovenkerk en de Broederkerk zou hij f 75,- per jaar krijgen. Jan Proper was als orgelmaker eerst als knecht van Z. van Dijk en later zelfstandig werkzaam. Waarschijnlijk werkte hij al sinds 1871 bij zijn oom in de orgelmakerij. Het is niet onmogelijk dat Jan Proper een Vox Celeste 8′ op het Bovenwerk heeft geplaatst (in plaats van de Octaaf 4′), daar we die in de dispositie van 1885 niet tegenkomen, maar later wel. Ook kan door Proper een Zwelkast om het Bovenwerk gebouwd zijn.