Over de ouderdom van de toren is in het verleden lang getwist. Bij verscheidene 19de eeuwse schrijvers kan men nog lezen, dat hij in 1516 werd gebouwd. Zelfs de voormalige archivaris van Kampen, Mr. J. Nanninga Uitterdijk, verkondigt dit nog in zijn boekje “Kampen, geschiedkundig overzicht en merkwaardigheden”, uitgegeven in 1878.

Deze mening was steeds gebaseerd op een raadsresolutie van 29 juli 1516, waarin staat te lezen,dat het volledige Kamper stadsbestuur Mr.Clemens van der Gouwe opdracht had gegeven een nieuwe toren voor de St.-Nicolaaskerk te bouwen. Het ontwerp was al goedgekeurd en een deputatie uit de raad had de afbakening van de fundamenten reeds bezichtigd.

We weten nu beter! Al in 1924 wijdde F.Vermeulen in het Oudheidkundig Jaarboek een interessant artikel aan de Bovenkerk. Daarin wees hij er op, dat volgens hem de toren stellig geen bouwwerk uit het begin van de 16e eeuw kon zijn, maar uit de Middeleeuwen moest stammen, wellicht zelfs nog dateerde uit de 12de eeuw.

Toen in de jaren 1928-’32 de Bovenkerk opnieuw werd gerestaureerd, heeft A.J. Reijers, de toenmalige hoofdopzichter van gemeentewerken, zich verdiept in de bouwgeschiedenis van kerk en toren. Evenals Vermeulen, kwam ook hij tot de overtuiging, dat de toren al in de Middeleeuwen gebouwd moest zijn en wel in de 12de eeuw.

Dankzij de laatste restauratie, weten wij nu ook meer over de ouderdom en oorsprong van de toren. Waar is, dat hij in de middeleeuwen is gebouwd, maar onjuist is de veronderstelling, dat dit reeds in de 12de eeuw zou zijn geschied.

De drie onderste geledingen duiden erop dat de huidige toren van de Bovenkerk nog een restant is van deze vroeg-gotische kerk. Uit de raadsresolutie van 1516 blijkt, dat het Kamper stadsbestuur in dat jaar, de reeds in de 15de eeuw bestaande plannen om vòòr de bestaande een nieuwe toren te doen bouwen, nog steeds niet had laten varen! Immers door zijn geringe hoogte zal hij schril hebben afgestoken tegen het hoge schip van de kerk.

Maar uit alles blijkt, dat de resolutie van 1516 een dode letter is gebleven en het bij het uitzetten van het bestek is gebleven. Kampen was in 1516 niet alleen allang over zijn economisch hoogtepunt heen, maar de stad had het juist in deze jaren bijzonder moeilijk. Zij raakte nauw betrokken bij de strijd tussen de Habsburgers en Karel van Gelre, waardoor haar economie grote schade leed. Vijandelijke benden opereerden tot vlak onder haar muren. Uit geldgebrek in de volgende jaren zijn de bouwplannen van 1516 niet uitgevoerd.

Maar toch bleef de wanverhouding in hoogte tussen kerk en toren storen. Geen wonder dat deze situatie ten tijde van Karel V opnieuw werd bekeken; de stad beleefde toen nog een tijdperk van redelijke bloei. Het plan voor een nieuwe toren, met alle consequenties daaraan verbonden voor de kerk, liet men definitief varen. In plaats daarvan werd in de jaren zestig van de 16de eeuw besloten de bestaande toren met nog één geleding te verhogen. Deze verbouwing werd aan  stadstimmerman Mr. Floris Ekenholt opgedragen.

Uit de kerkelijke rekeningen blijkt, dat de kosten om deze vierde geleding op de toren te zetten, tegen vielen zodat een beroep op de burgerij moest worden gedaan. Eerst in 1569 zal die geleding zijn voltooid en kon Tyman de Metselaar de toren van boven weer vierkant maken en de oude galmgaten dichten. Toen zijn ook de prachtige klokken, die Geert van Wou in 1482 voor de St.-Nicolaaskerk goot, verhangen.

Zestiende en zeventiende eeuwse gezichten op Kampen, beelden de Bovenkerktoren steeds met een kleine dakvormige spits af. Die zal kort daarna zijn aangebracht.

Maar al was deze oplossing heel wat goedkoper dan het bouwen van een nieuwe toren op een geheel andere plaats, toch zou zij in de loop der eeuwen een bijzonder dure geschiedenis blijken te zijn. De fundamenten van de nu uit vier geledingen bestaande toren bleken niet op deze veel zwaardere last berekend te zijn! Het gevolg was, dat hij begon te verzakken en daarbij vervaarlijk uit het lood raakte. Mede tot grote schade van de kerk zelf, die vooral aan de westzijde begon te scheuren.

De reconstructie van de eerste gotische kerk (bij de toren is met stippellijnen de latere verhoging aan gegeven)

In het begin van de 17de eeuw was de helling van de toren dermate ernstig, dat ook de omwonenden zich zorgen begonnen te maken met de Boventoren. Hierdoor werd in 1611 besloten het fundament van de zuidhoek naar de noordhoek uit te graven om het daarna te onderheien en van een goed rooster te voorzien.

Afdoende bleek dit niet, want in 1615 helde hij zo ver over, dat een zekere Mr. Valentijn opdracht kreeg de zware klokken te verhangen.

Ook de daarop volgende jaren bleef de toren een zorgenkind. In 1647 was de toestand zo kritiek, dat niemand minder dan de beroemde Jan AdriaenszLeeghwater naar Kampen werd ontboden om advies te geven hoe de toren weer in evenwicht gebracht zou kunnen worden. Maar noch hij, noch de ingenieur Nemant uit Zutphen wisten raad, tenzij hij grotendeels werd afgebroken. Maar daar voelde het stadsbestuur niets voor, het bepaalde slechts om alle zware klokken uit de toren te takelen en het luiden van de overige twee te verbieden.

Dit ingrijpen bleek niet effectief, want in 1684 de toren helde bijna drie meter naar het westen over! Op advies van Aryaan van der Meer en Jan Coensen Doet besloot het stadsbestuur hem tot zijn tweede geleding af te breken.

De kerk in haar huidige vorm met een pyramidale torenbekroning. De stippellijntjes geven de plaats aan van de voormalige zijbeuken

Redding heeft toen de Amsterdamse meester Jan de Jonge gebracht, die reeds in 1683 met succes erin was geslaagd, de toren van de Buitenkerk recht te zetten. Deze wist inderdaad in de daarop volgende jaren ook de Bovenkerktoren weer tot rust te brengen, maar wel ten koste van een deel van de kerk. Hij heeft tevens  een deel van de zijbeuken doen afbreken zodat de toren, zoals nu nog het geval is, aan drie zijden vrij van de kerk kwam te staan. In zijn advies aan de raad, gedateerd 6 januari 1685, staat onder meer te lezen: “Mr.Jan de Jonge geeft met alle eerbyedelijckheyt te kennen syn goede intensy omtrent het behouden en repareren van de boventoren, alsmede het afbreken van een gedeelte van de kerck en sluyten van dyen”.

Door de goede zorgen van Jan de Jonge kwam de toren inderdaad voor lange tijd tot rust. In de hele 18de eeuw is van ernstige verzakkingen geen sprake.

Eerst in het begin van de 19de eeuw vertoonde het bouwwerk weer zijn oude kwaal, opnieuw vermoedelijk een gevolg van het overbelasten van zijn fundamenten. Nog steeds ontevreden over de verhoudingen kerk en toren, besloot het stadsbestuur in 1808 de lage, dakvormige spits te vervangen door een veel hogere pyramidale torenbekroning. Het ontwerp is van de toenmalige stadsarchitect A. M. Sorg.

Na vele eeuwen vormde kerk en toren daarna een harmonieus geheel. In deze zelfde tijd werd een houten ingangspoort aan de westzijde aangebracht, dat een classicistisch karakter heeft en zich nadrukkelijk onderscheidt van het middeleeuwse torenmassief.

Uit: Bouwgeschiedenis van de Sint-Nicolaas of Bovenkerk, dr. C.N. Fehrmann, in: Bulletin van de Koninklijke Nederlandse Oudheidkundige Bond, september 1972.